علامه طهرانی می‌گوید: چندین نفر از رفقا و دوستان نجفی ما، از یکی از بزرگان و مدرسین نجف اشرف نقل می‌کردند که می‌گفت: من درباره استاد میرزا علی قاضی طباطبایی و مطالبی که از ایشان شنیده بودم و احوالاتی که به گوشم رسیده بود، در شک بودم.
با خود می‌گفتم: آیا این مطالب که نقل شده، درست است یا نه؟ تا این که روزی برای نماز به مسجد کوفه می‌رفتم ـ و مرحوم قاضی زیاد به مسجد کوفه و سهله علاقه‌مند بودند ـ در بیرون مسجد با ایشان برخورد کردم؛ با هم مقداری صحبت کردیم و در طرف قبله مسجد برای رفع خستگی نشستیم. گرم صحبت بودیم که در این زمان مار بزرگی از سوراخ بیرون آمد و در جلوی ما خزیده، به موازات دیوار مسجد حرکت کرد. در آن نواحی مار بسیار است و غالبا به مردم آسیبی نمی‌رساند. همین که مار به مقابل ما رسید و من وحشتی کردم، استاد اشاره‌ای به مار کرد و فرمود: «مت باذن الله؛ به اذن خدا بمیر.­» مار فوراً در جای خود خشک شد.
قاضی بدون این که اعتنایی کند، شروع به دنبال صحبت کرد، سپس به مسجد رفتیم و من در مسجد وسوسه شدم که آیا این کار واقعی بود و مار مرد یا این که چشم بندی بود؟ اعمال را تمام کرده و بیرون آمدم و دیدم مار خشک شده و به روی زمین افتاده است؛ پا زدم، دیدم حرکتی ندارد.
شرمنده به مسجد بازگشته و چند رکعتی دیگر نماز خواندم، موقع بیرون آمدن از مسجد برای نجف، باز هم با یکدیگر برخورد کردیم، آن مرحوم لبخندی زده و فرمود: خوب آقا جان! امتحان هم کردی! امتحان هم کردی.